胞嘧啶碱基编辑器(Cytosine Base Editor, CBE)是由四个关键成分构成的先进生物工具,包括dCas9蛋白、sgRNA、胞嘧啶脱氨酶(cytidine deaminase)以及尿嘧啶DNA糖基化酶抑制剂(uracil DNA glycosylase inhibitor, UGI)。在细胞内,这些成分通过组装形成融合蛋白,利用sgRNA的引导与目标基因组DNA结合,暴露出靶序列的单链结构。随后,胞嘧啶脱氨酶会将单链上的胞嘧啶(C)脱氨变为尿嘧啶(U),并通过DNA复制或修复过程将U转变为胸腺嘧啶(T),最终实现C-G碱基对向T-A碱基对的精确转换。
在CBE的应用过程中,研究人员发现其能够产生中间产物脱氧尿嘧啶(dU)的特性,因此开发了名为Detect-seq的体外脱靶检测技术。该技术首先提取经过碱基编辑后的细胞基因组DNA,通过生物素标记CBE产生的dU以富集目标片段。同时,在dU位点的下游,正常的胞嘧啶(C)被替换为5-醛基胞嘧啶(d5fC),随后d5fC被化学标记为T。这样的设计使得在测序分析时,能够观察到众多串联的C-to-T突变信号,极大地提高了碱基编辑位点的快速定位效率。
相较于传统的GUIDE-seq、Digenome-seq和Cas-OFFinder等技术,Detect-seq展现出更高的灵敏性和特异性,同时具有无偏好性的检测能力。这意味着该技术不仅能够监测Cas9依赖型和非依赖型的脱靶效应,还能检测sgRNA结合区域外的编辑(out-of-protospacer edits)及靶向链编辑(target-strandedits)中的脱靶现象。
在过去两年中,尊龙凯时致力于构建一站式基因编辑安全性评估平台,涵盖靶点设计、靶点筛选、GUIDE-seq脱靶检测(细胞基础检测)、AID-seq脱靶检测(生化检测)、Detect-seq脱靶检测、脱靶验证、PEM-seq染色体重排检测、载体插入位点检测(升级版LM-PCR及液相杂交捕获测序)、克隆扩增分析、转录组脱靶检测及全基因组测序(WGS)脱靶检测等多条检测管线。同时,尊龙凯时实验室具备SGS认证、ISO9001质量体系认证以及生物安全二级实验室等多项资质,为客户提供持续稳定、优质、高效且安全的服务与产品。